Die Kirche ist der weitaus größte Träger von Privatschulen in Deutschland. Rund 670 so genannte Bekenntnisschulen mit insgesamt 330.000 Schülern unterhält die katholische Kirche. 120.000 Schüler besuchen eine der etwa 540 evangelischen Bekenntnisschulen. Die meisten Konfessionsschulen sind also katholisch oder evangelisch. Hinzu gesellen sich einige andere, zum Beispiel Bekenntnisschulen der Siebenten-Tag-Adventisten.
Christliche Konfessionsschulen stehen wie alle Privatschulen unter öffentlicher Aufsicht und orientieren sich in der Regel am staatlichen Lehrplan. Wie andere Ersatzschulen auch werden Konfessionsschulen vom Staat finanziell gefördert. In der Regel decken diese Zuschüsse etwa 50 bis 60 Prozent der anfallenden Kosten. Die so entstehende Lücke in der Finanzierung schließen zum einen Spenden und kirchliche Subventionen sowie zum anderen von den Schülern erhobenes Schulgeld. Dessen Höhe ist meistens nach dem Einkommen der Eltern gestaffelt.